故事从97年《最终幻想Ⅶ》结局两年之后开始，当人们以为世界已经和平之时，所谓的“星痕症候群”的病却开始四处蔓延，世界再度面临危机。同时曾经为拯救世界而战的英雄克劳德却与世隔绝孤独的生活着…… 剧情叙述主角们打倒萨菲罗斯（Sephiroth），拯救星球免于巨大陨石的侵袭后两年，神秘的怪病「星痕症候群」在各地陆续传出病例。而主角克劳德（Cloud）在与艾瑞丝(Aerith）死别后，便郁郁寡欢。某日突然出现了与萨菲罗斯有未知关联的以卡丹裘（kadaj）为首的神秘3人组“谜”，除了直接对克劳德造成威胁之外，还进行着一连串有关“再结合”复活萨菲罗斯（Sephiroth）秘密的计划，将已回归各自生活的主角群们，再次的卷入风波中……