共に海洋学者を父に持つ健一とヘレンは父亲と一绪に谜の飞行物体が海に降りるところを目撃する。４人はボートで现场へ向かったが、突然海中からの光线を浴びて见知らぬ场所へと连れ去られてしまう。そこは宇宙船の中であった。现われた女性は自らをジグラ星人と名乗り、自分达の优れた科学力を証明するためと言って彼らの目の前で东京にマグニチュード１３の大地震を発生させた。未曾有の大灾害中、ジグラ星人は人类に降伏を要求した。海に住むジグラ星人は、自分达の星の海を公害で汚してしまったために移住先として美しい海を持つ星を探し、４８０光年离れた地球を见つけたのだと言う。ジグラは海を占领するだけでなく人类を食料にしようと目论んでいるのだ。子供达は宇宙船からなんとか脱出したが、彼らを追ってジグラ星人を名乗る女性も上陆した。一方、ガメラの火炎攻撃を受けた宇宙船は爆発し、海中を飞ぶように...
