故事发生在与现实略有不同的地球。地球正遭受来自“红之世界”的侵略者“Nightfly ONote”的威胁。人类为了与之对抗，而设立了对外防卫机关“LAG”，并组成了战斗单位“Scared Rider”，即使在过去的五次战斗中屡屡失败，但依然继续着战斗。不久之后，少女麻黄明以教官兼指挥官的身份前...往LAG赴任，刚一到任，敌方的侵袭再度开始。第六战斗单位“Scared Rider Xechs”的成员们为了守护世界，而投身于战场。